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Apareció Valentino
Valentino Rossi dijo presente en Motegi, luego de tener unos entrenamientos con altibajos pudo encontrar el ritmo de su Yamaha y se llevó la pole que le permitirá largar desde la mejor posición en la final del domingo. Con esta es la pole número 64 para el italiano y alcanza la misma cantidad que poseen Mar Márquez y Jorge Lorenzo. Justamente estos dos terminaron segundo y tercero en la clasificación y acompañaran en esa posición en la grilla de la final al piloto de Yamaha.
El primero en registrar el mejor tiempo era el puntero del campeonato, Marc Márquez que venía demostrando el buen andar de su Honda en los entrenamientos. El español bajaba su mejor tiempo de las primeras vueltas con un registro de 1m44s134, Rossi se metía segundo en el clasificador seguido por Viñales.
Con el correr del tiempo el que trepaba al segundo lugar y mostraba su recuperación luego de una fuerte caída era el piloto de Yamaha, Jorge Lorenzo y Carl Crutchlow de buenos rendimientos desde la tanda de ensayos se metía tercero, pero en la curva 5 perdía el equilibrio de su Honda y terminaba en el piso.
A mitad de la sesión clasificatoria los pilotos entraban a boxes para hacer la combinación de neumáticos definitiva en busca del mejor tiempo. Márquez intento cerrar una mejor vuelta que la anterior pero se fue de largo en una curva y justo en ese momento Valentino Rossi cerraba una vuelta de 1m43s954 y subía al primer lugar del clasificador.
Márquez intentaba bajar el tiempo del italiano pero finalmente se tendría que conformar con el segundo puesto quedando a 0.180 del mejor tiempo hecho por su escolta en el campeonato. En tercer lugar se metió Jorge Lorenzo quedando a 0.267 de su compañero de equipo en Yamaha. El español pudo recuperarse luego del fuerte golpe que sufrió al caer de su Yamaha en la FP3.
El italiano que llega como escolta de Márquez en el campeonato buscará descontarle la diferencia de 52 puntos y para eso estará largando desde el mejor lugar de partida en la final del domingo que se pondrá en marcha a partir de las 02:00 hs de Argentina. Márquez que lidera el campeonato con 248 unidades acompañara en la línea de partida al italiano seguido por Jorge Lorenzo.
La segunda línea de partida estará compuesta por Andrea Dovizioso (Ducati Team), Cal Crutchlow (LCR Honda) y Aleix Espargaró (Team Suzuki Ecstar), ocupando la tercera Maverick Viñales (Team Suzuki Ecstar), Héctor Barberá (Ducati Team) y Pol Espargaró (Monster Yamaha Tech 3). Desde la cuarta partirán Danilo Petrucci (Octo Pramac Yakhnich), Scott Redding (Octo Pramac Yakhnich) y Álvaro Bautista (Aprilia Racing Team Gresini).
Tiempos de la clasificación en Motegi:
| pos. | piloto | equipo | moto | tiempos | dif. |
| 1 | Valentino Rossi | Yamaha | Yamaha | 1m43.954s | - |
| 2 | Marc Marquez | Honda | Honda | 1m44.134s | 0.180s |
| 3 | Jorge Lorenzo | Yamaha | Yamaha | 1m44.221s | 0.267s |
| 4 | Andrea Dovizioso | Ducati | Ducati | 1m44.294s | 0.340s |
| 5 | Cal Crutchlow | LCR Honda | Honda | 1m44.402s | 0.448s |
| 6 | Aleix Espargaro | Suzuki | Suzuki | 1m44.494s | 0.540s |
| 7 | Maverick Vinales | Suzuki | Suzuki | 1m44.539s | 0.585s |
| 8 | Hector Barbera | Ducati | Ducati | 1m44.980s | 1.026s |
| 9 | Pol Espargaro | Tech3 Yamaha | Yamaha | 1m45.232s | 1.278s |
| 10 | Danilo Petrucci | Pramac Ducati | Ducati | 1m45.782s | 1.828s |
| 11 | Scott Redding | Pramac Ducati | Ducati | 1m45.827s | 1.873s |
| 12 | Alvaro Bautista | Aprilia | Aprilia | 1m45.614s | 1.660s |
| 13 | Stefan Bradl | Aprilia | Aprilia | 1m45.823s | - |
| 14 | Jack Miller | Marc VDS Honda | Honda | 1m46.347s | - |
| 15 | Bradley Smith | Tech3 Yamaha | Yamaha | 1m46.593s | - |
| 16 | Katsuyuki Nakasuga | Yamaha | Yamaha | 1m46.627s | - |
| 17 | Yonny Hernandez | Aspar Ducati | Ducati | 1m46.705s | - |
| 18 | Tito Rabat | Marc VDS Honda | Honda | 1m46.753s | - |
| 19 | Eugene Laverty | Aspar Ducati | Ducati | 1m47.060s | - |
| 20 | Loris Baz | Avintia Ducati | Ducati | 1m47.501s | - |
| 21 | Mike Jones | Avintia Ducati | Ducati | 1m47.631s | - |
| 22 | Hiroshi Aoyama | Honda | Honda | 1m47.788s | - |
